本發(fā)明涉及羅氏沼蝦遺傳育種領(lǐng)域，具體涉及與羅氏沼蝦攝食低蛋白飼料條件下生長相關(guān)的snp分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)：

1、蛋白質(zhì)是水產(chǎn)飼料的主要成分，也是影響飼料成本的最大因素。然而，我國蛋白資源較為短缺，預(yù)計2030年我國蛋白飼料缺口達到2790萬噸（[1]?楊振海,?張志青.?(2001)21世紀(jì)初中國飼料工業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略研究[j].?中國飼料,?16.）。并且隨著水產(chǎn)養(yǎng)殖的不斷發(fā)展和野生捕撈資源的下降，魚粉價格飆升，一些植物性替代蛋白源如豆粕又嚴(yán)重依賴進口，低蛋白飼料的開發(fā)逐漸成為發(fā)展趨勢（[2]?ashraf?y,?shalaby?sm,?salama?an,?et?al.(2023)?effects?of?dietary?β-mannanase?(hemicell?)?and?lavandula?angustifoliaon?oreochromis?niloticus?fed?a?low?level?of?dietary?protein:?growth,digestive?enzymes,?and?hemato-biochemical?indices. aquaculture?reports,?30:101604.）。選育耐低蛋白的水產(chǎn)新品種（系）有助于適當(dāng)?shù)慕档惋暳系鞍缀俊⒐?jié)約養(yǎng)殖成本、減少氮磷排放以及原料對進口的依賴（[3]?liang?h,?wu?l,?chama?mkh,?et?al.(2021)?culture?salinity?modulates?nrf2?antioxidant?signaling?pathway?andimmune?response?of?juvenile?genetically?improved?farmed?tilapia?(gift)( oreochromis?niloticus)?under?different?dietary?protein?levels. fish?shellfish? immunol,?117:220-227.?[4]?miao?s,?han?b,?li?j,?et?al.?(2020)?effects?ofdietary?protein?level?on?the?growth?performance,?feed?utilization?andimmunity?of?red?swamp?crayfish procambarus?clarkia. aquaculture?reports,?18:100540.），這對經(jīng)濟綠色可持續(xù)發(fā)展有十分重要的意義。

2、羅氏沼蝦（ macrobrachium?rosenbergii），又稱“淡水蝦王”，是我國主要的養(yǎng)殖品種之一，深受消費者喜愛。據(jù)《2024漁業(yè)統(tǒng)計年鑒》顯示，2023年我國羅氏沼蝦養(yǎng)殖產(chǎn)量超過19萬噸，目前養(yǎng)殖戶和養(yǎng)殖產(chǎn)量仍在不斷增加。羅氏沼蝦飼料配方蛋白質(zhì)含量一般不能低于30%（[5]李愛杰,?鄭述河.?(2005)?羅氏沼蝦的營養(yǎng)需要研究.?飼料工業(yè),?26(4):3.）。全基因組關(guān)聯(lián)分析（gwas）可識別定位群體中高密度分子標(biāo)記，檢測與目標(biāo)性狀關(guān)聯(lián)的分子標(biāo)記。

3、然而，在水產(chǎn)動物分子育種領(lǐng)域，gwas的應(yīng)用仍處于起步階段。盡管近年來已有關(guān)于羅氏沼蝦生長相關(guān)的snp的研究報道，但尚未有關(guān)于長期攝食低蛋白飼料條件下與羅氏沼蝦體重和體長同時相關(guān)snp位點的詳細(xì)研究。因此，識別和驗證這些關(guān)鍵snp位點，將為羅氏沼蝦的育種和產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展提供新的可能性和方向。

技術(shù)實現(xiàn)思路

1、本發(fā)明的目的是提供一種與羅氏沼蝦幼蝦攝食低蛋白飼料條件下與生長相關(guān)的snp分子標(biāo)記，為選育具有較好耐低蛋白飼料的羅氏沼蝦品種（系）提供依據(jù)。

2、本技術(shù)通過全基因組關(guān)聯(lián)分析，篩選到長期攝食低蛋白飼料（29.79%蛋白水平）條件下與羅氏沼蝦體重和體長同時顯著相關(guān)的snp位點，結(jié)果有助于耐低蛋白羅氏沼蝦的分子標(biāo)記輔助育種以及節(jié)約蛋白質(zhì)資源。

3、為實現(xiàn)上述的目的，本發(fā)明的技術(shù)方案如下：

4、本發(fā)明提供了一種與羅氏沼蝦攝食低蛋白飼料條件下生長相關(guān)的snp分子標(biāo)記，含有所述snp分子標(biāo)記的核苷酸序列如seq?id?no.1所示，位于seq?id?no.1上從5'端起的第501位點（黑色加粗字體），對應(yīng)于羅氏沼蝦第10號染色體上的第76447836位點，所述snp分子標(biāo)記的多態(tài)性位點為c或者t。

5、seq?id?no.1所示序列如下：

6、agttattaataaagagaattagaggtaagaaaaggtcatgtcaggtcatcctcgtgggtgtctaagagggcgggtgaggggaagcttgctgttgaccaaatctcttgcaacattcaaagtgaggatttattttttgttttgctttggatgagcaagggggaactctgccttttttcatcccactgagtttatatatattgtttttgtttgagaaatattgttcattttttcagatttttggattttttattaatatttttaggaactactaatcattatacgagatggttttataagcttttatgagcggctgtttatgtaaacaaaaatatatagattttcttatcaccttcgtctctgtctcccacttgtattaccacaaaagttacaagaactattttttttaatatcactcaatgcaacaatgcacgactctaatgaggaggagggattgaggcgaaattttacccagtggaaatgtcaatgctttaaattgaaagygaacgcagaagaaaggagtgacagtatggcgtcgccagagacgtgggagaaacgagatacaagcatttcaagagatacatgtatatcagtgtgtgagttttccactcccactcccggtggcattttctggagatgtaaccgagtatcgggacctttctcagaaaaaagcgggatgccttatctcaagaactaactatagaattttcttggaaataatcccattatgtttcccacacccaaattacaagagttactaatctaacctatcctaatctcacaacctaacttaagctaacctacctaacctaacataacctaaccctaacctaacataacccaacctaatctaacctaacctaggggcagggcaaaaaaaacagggcctggtgcaatactagcatacatctcaggaatctgcttcccggtggctgtcgacaggtatcaagaaacaaaacaccaatgaacgaagaataaaggacgctcgcatcgttattctcttt，其中y為c或t。

7、優(yōu)選的，當(dāng)羅氏沼蝦的兩條染色體上所述snp分子標(biāo)記的基因型為tt、ct或cc時，攝食低蛋白飼料的羅氏沼蝦的體重和體長依次減少。

8、本發(fā)明還提供了所述的snp分子標(biāo)記在篩選耐低蛋白飼料的羅氏沼蝦品種或品系中的應(yīng)用。

9、優(yōu)選的，所述低蛋白的含量≤30%。

10、本發(fā)明還提供了一種用于篩選耐低蛋白飼料的羅氏沼蝦品種或品系的方法，該方法包括檢測羅氏沼蝦基因組中所述的snp分子標(biāo)記的基因型，并選擇具有特定基因型的羅氏沼蝦進行育種。所述特定基因型為tt或ct型。

11、本發(fā)明還提供了一種基于羅氏沼蝦耐低蛋白飼料分子標(biāo)記輔助選擇育種的方法，該方法包括：

12、a）提取待育種羅氏沼蝦的dna；

13、b）對提取的dna進行基因型鑒定，確定所述的snp分子標(biāo)記的基因型；

14、c）根據(jù)鑒定結(jié)果，選擇具有耐低蛋白飼料特性的羅氏沼蝦進行育種。

15、優(yōu)選的，所述耐低蛋白飼料特性的羅氏沼蝦是指具有tt或ct型snp分子標(biāo)記基因型的羅氏沼蝦。

16、優(yōu)選的，所述低蛋白的含量≤30%。

17、本發(fā)明的有益效果：

18、本發(fā)明snp分子標(biāo)記與攝食低蛋白飼料條件下羅氏沼蝦的體重和體長密切相關(guān)，使得該位點可以為篩選、培育耐低蛋白飼料羅氏沼蝦新品種提供參考。